El comité Electoral Universitario, es un órgano  autónomo de la Universidad Privada Antenor Orrego integrado por tres profesores principales,  dos asociados y un auxiliar,  todos ellos ordinarios,  y por tres estudiantes, elegidos por un año.  Sus fallos son inapelables.

De conformidad con lo establecido en los Artículos 312 y 313 del Estatuto de la Universidad Privada  Antenor Orrego al Comité Electoral Universitario le corresponde organizar , conducir y controlar los procesos electorales, resolver los reclamos que se presenten y administrar el sistema electoral de la UPAO, el cual es de lista incompleta, con voto preferencial;  siendo el voto de los electores,  personal,  obligatorio,  directo y secreto.

El sistema de lista incompleta con voto preferencial significa que puede presentarse los candidatos estudiantes o docentes en lista o individualmente. En el primer caso la lista que obtenga la mayoría de votos tiene derecho a la mayoría de cupos, la lista que le sigue en votación tiene derecho a los cupos minoritarios. En el caso que se presentara una sola lista de alcanzar la mayoría de votos tiene derecho a todos los cupos.

El voto preferencial, significa que los electores puedan decidir el candidato de su preferencia en la lista por medio del numero que lo identifica.
De conformidad con la Resolución Rectoral N 5181-2008-R-UPAO expedida el 14 de Noviembre del año 2008, el Comité Electoral Universitario para el periodo comprendido entre el 25 de Noviembre del 2008 y el 24 de Noviembre del 2009, es el siguiente:

• PROFESORES PRINCIPALES

• PROFESORES ASOCIADOS

• PROFESORES AUXILIAR

• ESTUDIANTES